A construção da Estrada de Ferro D. Pedro II se fazia necessária, pois o país necessitava dar escoamento à produção dos produtos agrícolas destinados à exportação e ao abastecimento interno. Suas raízes históricas remontam ao dia 1º de julho de 1839, quando o médico homeopata Thomaz Cochrane requereu ao Parlamento Brasileiro o privilégio exclusivo para organizar uma companhia que construísse uma linha férrea cujo traçado, começando na Pavuna e subindo a Serra do Mar, chegasse até Vila de Resende, acompanhando a margem do rio Paraíba. Mesmo tendo conseguido, em 1840, a concessão, Cochrane teve seu contrato rescindido mais tarde, pois não conseguiu dar início a obra, após sucessivos pedidos de adiantamento.
Somente 15 anos depois, com a aprovação de seus Estatutos, ficou constituída a Companhia Estrada de Ferro D. Pedro II . Em agosto do mesmo ano, sob a direção do engº Christhiano Benedicto Ottoni, foram iniciados os trabalhos de construção. O projeto previa uma via férrea que atravessasse alguns municípios próximos à Capital, seguisse pelo Vale do Paraíba e, daí as Províncias de São Paulo e de Minas Gerais. De Minas, as linhas seguiriam pelo vale do rio das Velhas até o rio São Francisco, onde se encontrariam com o sistema fluvial, unindo assim, o Sul ao Norte.
Apesar dos inúmeros obstáculos, no dia 29 de março de 1858, com a presença do Imperador D. Pedro II, da família imperial e de inúmeros convidados, foi inaugurada a primeira seção da ferrovia, com a extensão de 47,210 quilômetros, entre a Estação da Corte e a localidade de Queimados, tendo estações intermediárias em Cascadura e Maxambomba, atual Nova Iguaçu.
No regresso a Estação da Corte, do trem especial que havia conduzido a família imperial e convidados até a Estação de Queimados, Christiano Benedicto Ottoni, construtor e primeiro Diretor da ferrovia, recebeu o título de Conselheiro do Império. Era a terceira ferrovia inaugurada no país. Pouco antes, no dia 8 de fevereiro, havia sido aberta ao tráfego a Estrada de Ferro Recife a São Francisco
Em novembro do mesmo ano, a linha chegou a Belém, atual Japeri, com mais 13 quilômetros.
Em 15 de novembro de 1889 é proclamada a República e por aviso do Governo Provisório, a partir de 22 de novembro a Estrada de Ferro D. Pedro II passa a denominar-se Estrada de Ferro Central do Brasil.
Em 30 de setembro de 1957, com a fundação da Rede Ferroviária Federal S.A. – RFFSA, a Central do Brasil , como outras 19 ferrovias, passam a fazer parte do acervo patrimonial dessa nova empresa.
Na década de 60 e no início dos anos 70, diversos ramais e estradas falidas, que foram absorvidas pela Central, ao longo dos anos, tiveram o seu tráfego suspenso e, posteriormente, foram erradicadas.
Em 1969 a RFFSA altera sua estrutura organizacional implantando quatro grandes Sistemas Regionais e a Central fica incorporada ao Sistema Regional Centro. As ferrovias deixam de ser denominadas por Estradas de Ferro e são classificadas como Divisões Operacionais. A Central do Brasil é divida em duas Divisões Operacionais: 6ª Divisão – Central e 8ª Divisão – Subúrbio do Grande Rio.
Em dezembro de 1973, a 6ª Divisão – Central perde mais uma parte da antiga Central do Brasil: a bitola métrica que era denominada 3º Distrito de Transporte, passa a constituir a 14ª Divisão – Centro Norte.
Uma nova reorganização administrativa é implantada na RFFSA, no ano de 1975. Criam-se seis Regionais e a Regional Rio de Janeiro assume as antigas linhas de carga da Central do Brasil e da Leopoldina e, a linha suburbana da Central em São Paulo, muda de administração. Esta reforma administrativa sepulta, definitivamente, o nome CENTRAL.
Em 1984 foi criada a Companhia Brasileira de Trens Urbanos – CBTU, que absorve as linhas de transportes de passageiros do subúrbio de todo o país. No Rio de Janeiro, em 1994, o transporte de passageiro suburbano é estadualizado e em 1998 é entregue a iniciativa privada.
Com a desestatização da RFFSA ocorrida na segunda metade dos anos 90 e a do subúrbio do Rio de Janeiro em 1998, a Estrada de Ferro Central do Brasil passa a ter quatro empresas sucessoras: no sistema de bitola de 1,60m – MRS Logística ; no sistema de bitola de 1,00m – Ferrovia Centro Atlântica (FCA) ; no sistema suburbano do Grande Rio – SuperVia ; e no sistema suburbano de São Paulo – Companhia Paulista de Trens Metropolitanos (CPTM).
Entretanto, não pode ser esquecido que três trechos de pequena extensão da Central, foram absorvidos por outras empresas: a linha erradicada da Estrada de Ferro Rio D’Ouro, é a atual linha 2 do Metrô do Rio de Janeiro; em Minas Gerais, parte da linha desativada do subúrbio de Belo Horizonte, integra a atual linha metropolitana e a Estrada de Ferro Vitória Minas assumiu o trecho, de bitola de 1,00m, Costa Lacerda – Nova Era.
Diretores da Estrada de Ferro D. Pedro II
29/03/1858 a 13/12/1865 – Christiano Benedicto Ottoni
14/12/1865 a 13/01/1869 – Bento José Ribeiro Sobragy
14/01/1869 a 14/02/1872 – Mariano Procópio Ferreira Lage
15/02/1872 a 11/04/1873 – Elisário Antonio dos Santos (Barão de Angra)
16/04/1873 a 12/06/1876 – Bento José Ribeiro Sobragy
31/08/1876 a 22/06/1880 – Francisco Pereira Passos
06/09/1880 a 26/01/1884 – Herculano Veloso Ferreira Pena
20/02/1884 a 29/07/1884 – Miguel Noel Nascente Burnier
19/11/1884 a 30/11/1889 – José Ewbanck da Câmara
Diretores da Estrada de Ferro Central do Brasil
09/12/1889 a 25/02/1891 – Eugênio Adriano Pereira Cunha
04/03/1891 a 31/12/1891 – João Chrockatt de Sá Pereira de Castro
01/01/1892 a 09/03/1893 – Antonio Geral de Souza Aguiar
20/03/1893 a 30/11/1894 – Vespasiano Gonçalves Albuquerque e Silva
01/11/1894 a 20/11/1896 – Jerônimo Rodrigues de Morais Jardim
21/11/1896 a 16/09/1897 – André Gustavo Paulo de Frontin
17/09/1897 a 04/04/1899 – Francisco Pereira Passos
05/04/1899 a 29/01/1900 – Alfredo Eugênio d’Almeida Maia
30/01/1900 a 15/05/1903 – Gustavo Adolfo da Silveira
16/05/1903 a 14/11/1906 – Gabriel Osório de Almeida
16/11/1906 a 13/01/1910 – Aarão Reis
14/01/1910 a 14/11/1914 – André Gustavo Paulo de Frontin
21/11/1914 a 07/02/1917 – Miguel Arrojado Lisboa
07/02/1917 a 10/03/1919 – Marciano de Aguiar Moreira
11/03/1919 a 06/08/1919 – José Gonçalves Barbosa
07/08/1919 a 27/11/1922 – Joaquim de Assis Ribeiro
28/11/1922 a 16/05/1923 – Caetano Lopes Jr.
17/05/1923 a 15/11/1926 – João de Carvalho Araújo
16/11/1926 a 24/10/1930 – Romero Fernando Zander
25/10/1930 a 28/10/1930 – Luiz Carlos da Fonseca
29/10/1930 a 01/12/1930 – Caetano Lopes Jr.
09/12/1930 a 23/03/1932 – Arlindo Ribeiro da Luz
24/03/1932 a 13/08/1932 – Luciano Martins Veras
14/08/1932 a 24/10/1932 – Aristóteles de Lima Câmara
25/10/1932 a 01/02/1933 – Vitor Gustavo Mascarenhas Tamm
25/02/1933 a 30/11/1937 – João de Mendonça Lima
01/12/1937 a 17/12/1937 – Alberto Flores
18/12/1937 a 14/04/1941 – Waldemar Coimbra Luz
14/04/1941 a 05/11/1945 – Napoleão de Alencastro Guimarães
06/11/1945 a 04/02/1946 – Ernani Bittencourt Cotrim
05/02/1946 a 29/05/1948 – Renato de Azevedo Feio
10/06/1948 a 04/04/1950 – Durival de Brito e Silva
11/04/1950 a 11/08/1950 – Contram de Souza
16/08/1950 a 30/01/1951 – Jurandir de Castro Pires Ferreira
11/02/1951 a 22/01/1953 – Eurico de Souza Gomes Filho
23/01/1953 a 30/09/1957 – Jair Rego de Oliveira
Período após a criação da RFFSA
17/10/1957 a 18/05/1958 – Luiz Alberto Whately
19/05/1958 a 16/07/1963 – Jorge de Abreu Schilling
17/07/1963 a 28/04/1964 – Antônio Negreiros de Andrade Pinto
29/04/1964 a 17/05/1964 – Dionísio M. Nascimento Jr.
18/05/1964 a 24/05/1966 – Renato de Araújo
17/06/1966 a 05/04/1967 – Antônio Henrique Alves Vilhena
06/04/1967 a 18/06/1967 – Oswaldo Monachesi
19/06/1967 a 15/01/1968 – Pedro Affonso da Rocha Santos
16/01/1968 a 22/07/1972 – Francisco Cruz
Período da 6ª Divisão-Central
27/09/1972 a 07/07/1974 – Geraldo Costa Guimarães
08/07/1974 a 12/08/1975 – Antônio Geraldo Soares Berford