Sua origem é a Associação de Engenheiros da Estrada de Ferro Central do Brasil – AECB, fundada em 19 de junho de 1937, que em 26 de março de 1992, juntando-se a outras duas Associações de Engenheiros – Administração Geral da Rede Ferroviária Federal, AEAG e Companhia Brasileira de Trens Urbanos, AECBTU – deu origem a AENFER.